性能上，iPhone SE和iPhone 6s在性能上一样强悍，采用64位A9处理器和M9协动处理器，并且同样配备了2G内存。配备了1200万像素摄像头，能够拍摄4K视频，另外新的画面处理器能够让iPhone SE的图片质量更加。图像处理功能略强于iPhone 6s。苹果强调iPhone SE的提升在于电池。

iPhone前面5代系列的机型均使用9厘米（3.5英吋）LCD液晶体多点触控防刮玻璃显示屏，而iPhone5则增至4英吋。“电容式触屏”是专为一指或多指触控而设的多点触控感应。前三个系列的屏幕分辨率为320 x 480 （HVGA），163 ppi；而iPhone 4及iPhone 4S的屏幕分辨率为640 x 960，326 ppi；到了iPhone 5则是640 x 1136，326 ppi，并且iPhone 5的屏幕对比为接近16:9（71:40）。

iPhone的屏幕有多个感应器；感应器会在用户通话时因手机贴近脸部而暂时关闭屏幕，此举是为了节约用电量，以及减少用户面部或耳部因触碰屏幕而造成的错误操作。可见光线性光感应器可根据环境亮度而调节屏幕亮度，以此节约电量。三轴动作感应器可根据用户手持iPhone的方向，调整手机画面的方向，并自动调整手机横向画面或纵向画面。加速度感应器可用于控制第三方应用程序，其主要用于游戏功能。而从iPhone 4起，手机内还配备了陀螺感应器，用以加强对用户移动iPhone的感应。

屏幕会显示来自三个感应器的反应 （iPhone 4有四个）。把iPhone向四周移动会触发iPhone的两个感应器 （iPhone4有三个），这些都是用来游戏控制和定位的服务。

近距感应器：当通话时，我们脸部会很接近显示屏，近距感应器会使显示屏和触屏停用，这是为了节省电力和防止用户的耳朵和脸部造成无意中的输入。

周边光线感应器：周边光线感应器能感应周遭的光源来调节电话的亮度，从而节省电池用量。