底部式过滤器：利用底砂砂层作为大体积的滤材(渗流滤层)，通过铺设在砂层下的进水管道网，经由沉水水泵抽水，达到物理过滤及生化过滤的目地(原理类似于沉水式过滤器)因滤体较大，所以维护间格时 间较长，但维护极为不便。效果不错，缺点是安装较麻烦，还有草缸无法使用，会照成底肥的严重流失。
滴流与渗流： 滴流式过滤，这种过滤系统多用于溢流式过滤器或上部式滴流盒，其主要特征在于滤材大部份暴露天空气里，滤材主要以陶瓷环、生化球、过滤棉为过滤材质，进行生化过滤过程，过滤仓内有流动空气，但无物理过滤的功能。 渗流式过滤 ，滤材通常为滤棉、生化棉、底砂。主要的特征为滤材基本浸于水体之中，不与空气直接接触，起到物理过滤过程，但是在生化棉和底砂之间有较大的空隙，可为消化提供良好的生存环境，也有一定的生化过滤能力。这两种过滤系统的过滤效果都很好，但也有缺点，滴流过滤需要在鱼缸上部占较大的一块空间，也不美观。
鱼缸里面的水因为大量喂食、排析物和鱼身上的分秘物的产生，会有越来越多的有机物质积累，这些有机质废物会凝聚、附着在缸壁上，而大量的都悬浮在水中或沉于底砂上。由于水温高，有机物会加快腐败，导致混浊度增加，水质变坏，溶氧量明显降低，氨及硝酸盐大量增加，水会变得十分浑浊，鱼在这样的水中生活极易得病，甚到死亡。在鱼缸中建成一个生态过滤系统，进行有效的生态过滤，将有机质分解，就可以减少这些附着物的产生，不仅将水中的固体废物过滤清除，使水体变得十分清澈，水质稳定，还可以有效减少鱼病的发生。
光照太强，使水中的绿藻不断生长，所以水就会变绿了。现在只能换水，为鱼缸遮阴，鱼缸不能让放在窗边，让太阳直射。如果是鱼缸壁有绿藻，可以养一两条清道夫来吃绿藻。 藻虾，黑壳虾或苹果螺（福寿螺）也可以。