不论企业以前年度财务报表是否委托注册会计师进行审计，还是专项审计与年度财务报表审计是否为同一家会计师事务所承接，专项审计都可以按照《专项审计指引》独立实施审计程序。如果结合以前年度财务报表审计，确定的重要性水平应当低于相应财务报表审计的重要性水平，确定审计范围时应当考虑拟利用以前年度财务报表审计工作中获取的审计证据的程度。需要注意的是，应当结合具体环境考虑重要性的性质和数量两方面的因素。

无论是研究开发费用，还是高新技术产品(服务)，在专项审计中都涉及高新技术的识别。注册会计师不是高新技术领域的专家，《专项审计指引》为此做了如下规定：

(1)恰当界定研究开发项目、高新技术产品(服务)的具体范围是申报企业的责任。

(2)申报企业技术负责人与企业法定代表人、财务负责人共同签署《管理当局声明书》。

但《专项审计指引》也规定，制定总体审计策略时，应当清楚地说明向具体审计领域调配的资源，包括就复杂的研究开发项目技术问题利用专家的工作。

与高新技术产品(服务)收入相关的内部控制包含在企业产品或服务的销售控制中，而如高新技术产品(服务)收入与研究开发激励或与销售奖励相关联时，企业一般会设计或增加相应的控制环节。注册会计师审计时，需要了解申报企业能否确保销售均已准确记录并对高新技术产品(服务)进行恰当分类。

高新审计依据高新技术企业认定办法相关规定，企业申请高新认定，需要对近三年的财务状况、研发费用支出情况及高新技术产品(服务)收入情况进行审计，出具审计专项报告和年度审计报告。

会计师会结合企业情况，给出一份准备材料的清单。主要是企业的资产负债表、损益表、总账、明细账、科目余额表(到末级科目)、财务凭证、公司的执照、章程等等。