预付款保证金是目前工程建设领域仅存的四个保证金之一，其核心作用是施工项目中，甲方向乙方支付工程预付款后，为保障乙方按质按量进行工程实施，而要求乙方向甲方提供保证金。根据《办公厅关于清理规范工程建设领域保证金的通知》，预付款保证金可以采用银行保函的形式缴纳。
预付款银行保函是指以银行信用为担保，由银行向甲方出具的担保函，但乙方违约时，由银行向甲方进行赔付。目前，预付款银行保函主要是建设银行开具，支持全国使用。也有部分甲方要求必须为当地银行开具的，这种情况可以通过担保公司代为办理。同时，部分项目会要求采用基本户所在银行开具的保函，如果基本户所在银行不提供银行保函办理业务，可以通过担保公司代为办理。
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
预付款保函与履约保函的区别：
履约保函是为了保证中标单位如约履行工程合同的内容
预付款保函是保证在甲方支付了预付款之后能收到合同约定的效果，也即在甲方支付了预付款之后如乙方没有履行合同，银行则将预付款保函的相应押金交还给甲方作为损失补偿。
也就是说这是两个不同的保函，都是要交的。因此从某一个角度也能体现施工单位的经济实力。
不过不用担心，作为预付款的保函既然是为了保证预付款的，就不像履约保函那样一定要到工程全部建设结束，合同内容履行完毕之后才退还给你。通常是约定保证预付款用在合同上就可以退还了。只是在工程建设前期冻结在银行，后面就解冻了。