三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
贮粪池由二根过粪管连通的三个格室的密封池组成。根据其主要功能依次可命名为截留沉淀与发酵池、再次发酵池和贮粪池。三池之间由过粪管连接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管为。过粪管采用内径为100～150mmPVC塑料管为宜，也可以用水泥预制、陶管等其它材料、要求内壁光滑。为防止堵塞，考虑粪池的大小与流量，可适当增加过粪管的数量。
三格的比例：
池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。如果第二池容积相对较小，粪便在第二池停留的时间短，则粪便无害化处理效果就差。三个池的比例一般应为2：1：3，池贮存20天，第二池贮存10天，第三池贮存30天。
化粪池有效深度为1000mm，多不少于900mm，加上化粪池的上部空间，池深约为1150mm。
化粪池维护管理
（一）新池建成确认无渗漏，并养护两周后正式启用。
（二）使用中要控制用水量。
（三）应按照设计周期清理粪皮和粪渣，在粪池内取出的粪渣须经堆肥法或化学法处理后再作肥料，第三池取出的粪水可直接用作肥料。
（四）保持化粪池盖板的密封性，在清渣或取粪水时，不得在池边点灯、吸烟等，以防发酵产生的沼气遇火爆炸。