学术论著
截至2021年8月，王永钧已发表论文200余篇，主编、参编《肾脏病专家门诊》《中西医结合肾脏病学》《中医临床内科学》《中医临床肾脏病学》等学术专著9部。
人才培养
学科建设
王永钧创建了浙江省个肾脏病内科，该科现已发展为浙江省医学重点学科（肾脏专业）、国家中医药管理局重点专科。
指导学生
截至2022年7月，王永钧已指导培养出数十位肾病学科的领军人物，包括5位肾病专/学科带头人，4位国家名老中医专家学术指导老师，5位浙江省名中医，12位杭州市名中医。王永钧曾任浙江中医药大学硕士和博士生导师，已指导培养博士8名、硕士21名，培养继承人6名，他们中多人分别获得中国中西医结合特殊贡献奖，中国中西医结合青年贡献奖，全国百名杰出中医等。
28岁女患者林某，4个月前受凉后出现咽痛，后小便呈浓茶样，伴腰酸乏力，查尿蛋白+，两周前咽痛明显，曾予抗感染。4天前发热后再次出现茶色尿，医院检查病理提示IgA肾病，西药，尿色转清，但仍咽痛明显，遂求助于王永钧。王永钧给出中医治法养阴，清咽。开方14剂，加之西药同前，患者服用后咽痛如灼明显好转，继续服用中药14剂，加西药同前，患者未再有咽痛不适，加减方后调理一个月，复查尿蛋白-。
王永钧从医六十多年，他的患者来自全国各地，有的已经跟随他看诊三十多年。在王永钧看来，肾病不可怕，只要规范就能长期生存。王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案。他博采众长，中西融会贯通，发表论文200多篇，主编、参编学术专著9部，领衔完成国家“十一五”科技支撑计划、国家科技部“八五”“十五”项目等多项重大课题，获得省部级奖励11项。王永钧致力于中医药事业的传承、创新和发展，培育人才无数，在中医肾病领域做出了巨大贡献。